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任何合同都有解释的问题。海上货物运输合同格式条款也不例外，对其进行解释是属于合同解释。法国民法典第1156条规定：“解释合同时，应探讨当事人的意愿，而不应拘泥于合同文字的字面意思。”这一规定，反映了意思自治的基本精神和意思表示理论的基本要求，是合同解释的基本原则。
我国《合同法》第41条对合同中的格式条款做出专门的规定。同时《合同法》第125条对格式条款的解释也做了规定。显然，海上货物运输合同格式条款的解释应遵循以下原则。
其一，遵循按照通常理解予以解释的原则。
海上货物运输合同格式条款具有很强的专业性和技术性，往往有大量的航海技术和贸易金融知识于其中。这些专门性的知识可能非业外人所理解，这样应尽量保护当事人的合法利益。
其二，应遵循不利于海上货物运输合同格式条款提供者的解释原则。
其道理很明显：因为格式条款是由提供者预先拟好的，这势必使格式条款的提供者优先考虑自己的利益。在解释格式条款时只有坚持此原则才能保护相对方的利益，这也是法律解释所追求的公平合理的结果。德国一般契约条款法第5条规定：“一般契约条款之内容有疑义时，条款利用者承受其不利。”
其三，应遵循海上货物运输合同非格式条款优先适用的原则。
所谓海上货物运输合同非格式条款，是指海上货物运输当事人经过特别协商达成一致而订入海上货运输合同的条款。实务中，往往表现为在海上货物运输合同范本基础上，就某一货物运输事宜双方订立的格式条款，或对合同范本业已存在的格式条款进行修改而成的。
适用非格式条款优先的解释原则必须建立在海上货物运输合同格式条款与非格式条款之间具有相关性的基础上。同时格式条款与非格式条款之间具有相互排他性，而且海上货物运输合同格式条款与非格式条款能共存于一个海上货物运输合同中。海上货物运输合同非格式条款优先适用原则的理由主要是体现了公平原则。因为格式条款不是双方当事人协商的结果，易于体现格式条款提供单方的利益，而海上货物运输合同非格式条款是经过双方当事人协商的结果，基本体现了当事人双方的利益。
